电泳技术就是利用在电场的作用下，由于待分离样品中各种分子带电性质以及分子本身大小、形状等性质的差异，使带电分子产生不同的迁移速度，从而对样品进行分离、鉴定或提纯的技术。
经常做电泳实验的同学，是否会经常遇到各种各样的问题，不管是核酸还是蛋白电泳，然后找不到解决方法？
今天大龙君整理了电泳实验中经常遇到的问题，帮助大家更加直观的识别实验中的“疑难杂症”。
一、DNA电泳常见问题分析
1、跑出的DNA带模糊？
可能原因1：DNA降解
解决方法：避免核酸酶污染
可能原因2：电泳缓冲液陈旧
解决方法：电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，pH值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液
可能原因3：所用电泳条件不合适
解决方法：电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30℃；巨大DNA链电泳，温度应＜15℃；核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力
可能原因4：DNA上样量过多
解决方法：减少凝胶中DNA上样量
可能原因5：DNA样含盐过高
解决方法：电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐
可能原因6：有蛋白污染
解决方法：电泳前酚抽提去除蛋白
可能原因7：DNA变性
解决方法：电泳前勿加热，用20mM NaCl缓冲液稀释DNA
2、有DNA带迁移？
可能原因：1对于λ/Hind III片段cos位点复性
解决方法：电泳前于65℃加热DNA 5分钟，然后在冰上冷却5分钟
可能原因2：电泳条件不合适
解决方法：电泳电压不超过20V/cm；温度＜30℃；经常更换电泳缓冲液
可能原因3：DNA变性
解决方法：以20mM NaCl Buffer稀释DNA，电泳前勿加热
3、跑出的DNA带弱或无DNA带？
可能原因1：DNA的上样量不够
解决方法：增加DNA的上样量；聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高，上样量可适当降低
可能原因2：DNA降解
解决方法：避免DNA的核酸酶污染
可能原因3：DNA走出凝胶
解决方法：缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度
可能原因4：对于EB染色的DNA，所用光源不合适
解决方法：应用短波长（254nm）的紫外光源
4、跑出的DNA带缺失？
可能原因1：小DNA带走出凝胶
解决方法：缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度
可能原因2：分子大小相近的DNA带不易分辨
解决方法：增加电泳时间，核准正确的凝胶浓度
可能原因3：DNA变性
解决方法：电泳前请勿高温加热DNA链，以20mM NaCl Buffer稀释DNA
可能原因4：DNA链巨大，常规凝胶电泳不合适
解决方法：在脉冲凝胶电泳上分析
二、SDS-PAGE凝胶电泳和Western转移常见问题
1、电泳时间过长
可能原因：电泳缓冲液稀，或使用次数过多
解决方法：更换新鲜1×缓冲液
2、电泳电流过高
可能原因：电泳缓冲液稀，或使用次数过多
解决方法：更换新鲜1×缓冲液
3、条带模糊
可能原因1：样品部分变性
解决方法：变性蛋白质
可能原因2：样品部分降解
解决方法：优化蛋白质提取过程，如采用低温，加入蛋白酶抑制剂等
4、蛋白带呈条状
可能原因1：样品中阳离子含量过高
解决方法：通过透析、凝胶过滤等方法去除阳离子干扰
可能原因2：样品中含污染物，如：DNA、多糖、脂类等
解决方法：优化提取方法，如提取缓冲液配比，离心，过滤等
可能原因3：样品沉淀
解决方法：通过加热样品或增加SDS浓度促进样品溶解或离心除去蛋白质沉淀
可能原因4：上样量过高
解决方法：减少上样量
可能原因5：制备凝胶
解决方法：配置凝胶液时要混匀；灌胶要连续
5、蛋白带呈“微笑”状
可能原因1：各泳道间蛋白质含量差异过大，导致电场不均匀
解决方法：测定蛋白质含水量，使样品间蛋白质含量一致
可能原因2：上样量过大，导致不堆积
解决方法：使用适当上样量，如样量过稀，采用冷冻干燥或超滤方法浓缩
可能原因3：凝胶表面或分离胶表面不平
解决方法：检查药品是否过期，制备凝胶时使凝胶表面平整
